📖 使用說明

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RNA–Protein Interface Analyzer　一邊讀，一邊在右側操作。

① 載入結構

• 左上 PDB: 輸入代碼（如 4OO8）→ 按 Load（或 Enter）
• 或 Upload PDB/CIF 上傳 .pdb / .cif（自動判格式）
• 載入後看右側最下 Structure info → Chains，類型由程式自動判定

② 一鍵介面分析

右側 Interactions → Quick interface 會依偵測到的類型自動長出按鈕（兩類型都在才出現），每個 pair 提供兩個方向：

Protein → RNA　RNA → Protein
Protein → DNA　DNA → Protein
RNA → DNA　DNA → RNA

箭頭指向誰，誰就是「主角」：得到 🟠 橘色高亮、在清單與 CSV 排第一（side1）、也是 centric 預設錨點；partner 那側是 🔵 青。例：RNA → Protein 是研究蛋白質上被 RNA 接觸的殘基（主角＝Protein）。

兩個方向算出的接觸完全相同，只差在誰當主角（影響上色、排序、centric、CSV 欄位順序）。

按下去 → 自動把該兩類型的所有 chain 配對算完並聚合，得到 Summary ＋ Viewer 上色 ＋ 接觸清單。

③ 三種檢視

清單上方切換鈕：

鈕	內容
Pairs	所有接觸殘基對，依距離排序：A:LEU101 ↔ B:A47　2.4 Å
side1 ▸	每個 side1 殘基 → 它接觸到的 side2 殘基們
side2 ▸	反過來（每個 side2 殘基 → side1 夥伴）

每列開頭都帶 chain 字母。點任一列 → zoom 過去，球＋黃色虛線標出接觸，log 印完整資訊。

④ Chain-pair 篩選（同拷貝/跨拷貝）

多 chain 時清單上方出現 chip，如 A↔B 214 D↔E 206 D↔B 2（數字＝接觸數）。

• 點 chip 開關。要乾淨的「同一拷貝」介面 → 關掉接觸數很少的跨拷貝 chip，只留主要那組。
• 清單、summary、上色、CSV 全部同步。

⑤ 視覺化選項

Cutoff	距離門檻，預設 4.0 Å。先調再按分析鈕才生效。
Show residue labels	3D 上標 chain:resnResi
Fade non-interface	淡化整體，讓介面 stick 浮出

⑥ 匯出

• Export CSV：下載全部接觸對（會反映目前篩選）
• Copy CSV：複製到剪貼簿

⑦ 手動模式

下半部 Manual chain ↔ chain：選 Chain A / B → Show。適合只看特定兩鏈（如同拷貝 A↔B）。
注意：手動模式不過濾水/離子（沿用舊行為）。

⑧ 接觸定義 · 重點

• 接觸＝任一重原子距離 ≤ cutoff（忽略氫）。不是氫鍵/鹽橋分析。
• Type 模式只算 polymer 殘基，自動排除同 chain 底下的水/離子/ligand。
• 多拷貝晶體會含跨拷貝晶體接觸（summary 有 ⚠ 提示）；用 ④ 或 ⑦ 取乾淨介面。
• mmCIF（.cif）會用正確 parser 解析。

⑨ 既有功能

Representation、Color scheme、Filters（hide water/ion/ligand/H）、Spin / Reset / Screenshot、指令列 PyMOL>（打 help）全部保留。

🚀 快速上手（4OO8）

1. 輸入 4OO8 → Load
2. 確認 A,D=Protein、B,E=RNA、C,F=DNA
3. 按 Protein ↔ RNA
4. 切到 RNA ▸ 看每個 sgRNA 殘基纏住哪些 Cas9 殘基
5. 關掉 D↔E、D↔B chip → 只看同拷貝 A↔B
6. Export CSV 存檔

PyMOL>