📖 使用說明

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RNA–Protein Interface Analyzer　一邊讀，一邊在右側操作。

① 載入結構

• 左上 PDB: 輸入代碼（如 4OO8）→ 按 Load（或 Enter）
• 或 Upload PDB/CIF 上傳 .pdb / .cif（自動判格式）
• 載入後看右側最下 Structure info → Chains，類型由程式自動判定

② 一鍵介面分析（選單）

右側 Interactions → Quick interface 用兩個下拉選單挑分子：

Show ▸ [分子]　contacting [分子]　→ 按 Analyze interface

「Show」選的就是主角（focus）：只有它與對方接觸的殘基會被高亮，顏色＝該分子的設定色（見 ⑤）。例：Show Protein contacting RNA → 只標出蛋白質上被 RNA 接觸的殘基。

選單只列出結構中存在的分子類型（需至少兩種）。partner 側預設不高亮（要的話勾「Also highlight partner side」）。兩向算出的接觸相同，只差誰當主角（影響高亮、排序、centric、CSV 順序）。

按下去 → 自動把該兩類型的所有 chain 配對算完並聚合。

③ 三種檢視

清單上方切換鈕：

鈕	內容
Pairs	所有接觸殘基對，依距離排序：A:LEU101 ↔ B:A47　2.4 Å
side1 ▸	每個 side1 殘基 → 它接觸到的 side2 殘基們
side2 ▸	反過來（每個 side2 殘基 → side1 夥伴）

每列開頭都帶 chain 字母。點任一列 → zoom 過去，球＋黃色虛線標出接觸，log 印完整資訊。

④ Chain-pair 篩選（同拷貝/跨拷貝）

多 chain 時清單上方出現 chip，如 A↔B 214 D↔E 206 D↔B 2（數字＝接觸數）。

• 點 chip 開關。要乾淨的「同一拷貝」介面 → 關掉接觸數很少的跨拷貝 chip，只留主要那組。
• 清單、summary、上色、CSV 全部同步。

⑤ 視覺化選項

Cutoff	距離門檻，預設 4.0 Å。先調再按 Analyze才生效。
Show residue labels	3D 上標 chain:resnResi
Fade non-interface	淡化整體，讓介面 stick 浮出
Also highlight partner side	預設只高亮主角；勾了連 partner 也上色
Interface colors	Protein / RNA / DNA 各自色票，可隨時換；同時驅動介面高亮、清單、與「By molecule」整體配色

⑥ 匯出

• Export CSV：下載全部接觸對（會反映目前篩選）
• Copy CSV：複製到剪貼簿

⑦ 手動模式

下半部 Manual chain ↔ chain：選 Chain A / B → Show。適合只看特定兩鏈（如同拷貝 A↔B）。
注意：手動模式不過濾水/離子（沿用舊行為）。

⑧ 接觸定義 · 重點

• 接觸＝任一重原子距離 ≤ cutoff（忽略氫）。不是氫鍵/鹽橋分析。
• Type 模式只算 polymer 殘基，自動排除同 chain 底下的水/離子/ligand。
• 多拷貝晶體會含跨拷貝晶體接觸（summary 有 ⚠ 提示）；用 ④ 或 ⑦ 取乾淨介面。
• mmCIF（.cif）會用正確 parser 解析。

⑨ 顯示控制（縮放／旋轉／隱藏／表現法）

• Zoom speed（工具列滑桿）：調整滑鼠滾輪縮放幅度，覺得「一滾跳太多」就往左拉。
• Rotate around（工具列下拉）：指定旋轉中心軸＝整體或某條 chain（選了之後滑鼠旋轉就繞那條鏈轉）。
• 隱藏整條 chain：Structure info → Chains 每條鏈前勾選框，取消即隱藏（例 4OO8 只留 A,B,C → 取消 D,E,F）。
• 隱藏個別 residue：Chain residues 選鏈 → 列出殘基逐個勾選隱藏；Show/Hide all 全開全關；Export CSV 匯出所有鏈殘基清單。
• 分區表現法（Representation by part）：選 Chain（＋可選 Residues 範圍如 1-50,60）＋ As（cartoon / sticks / surface…）→ Apply，即可讓某鏈/某段殘基用不同表現法（覆寫全域預設）；清單可逐項移除、Reset all 清空。

隱藏／表現法只影響顯示，不影響介面計算。

⑩ 顏色

• Molecule colors（Protein/RNA/DNA）：整體 By-molecule 配色。
• Contact residue colors（Focus / Partner）：自由指定「有接觸的殘基」高亮色，與分子整體色獨立（預設 Focus 紅、Partner 白，方便在任何底色上凸顯）。

⑪ 既有功能

Color scheme 預設 By molecule，也可切 Spectrum / By chain / element / residue / B-factor。全域 Representation 按鈕、Filters（hide water/ion/ligand/H）、Spin / Reset / Screenshot、指令列 PyMOL> 全部保留。

🚀 快速上手（4OO8）

1. 輸入 4OO8 → Load
2. 確認 A,D=Protein、B,E=RNA、C,F=DNA
3. Quick interface：Show Protein · contacting RNA → Analyze interface
4. 只會高亮蛋白質上被 RNA 接觸的殘基（focus = Protein）
5. 關掉 D↔E、D↔B chip → 只看同拷貝 A↔B
6. 想改顏色 → 上方 Interface colors 換 Protein 色票；Export CSV 存檔

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