📖 使用說明
RNA–Protein Interface Analyzer 一邊讀，一邊在右側操作。
① 載入結構
- 左上
PDB:輸入代碼（如 4OO8）→ 按 Load（或 Enter） - 或 Upload PDB/CIF 上傳
.pdb/.cif（自動判格式） - 載入後看右側最下 Structure info → Chains，類型由程式自動判定
② 一鍵介面分析（選單）
右側 Interactions → Quick interface 用兩個下拉選單挑分子：
Show ▸ [分子] contacting [分子] → 按 Analyze interface
「Show」選的就是主角（focus）：只有它與對方接觸的殘基會被高亮，顏色＝該分子的設定色（見 ⑤）。例：Show Protein contacting RNA → 只標出蛋白質上被 RNA 接觸的殘基。
選單只列出結構中存在的分子類型（需至少兩種）。partner 側預設不高亮（要的話勾「Also highlight partner side」）。兩向算出的接觸相同，只差誰當主角（影響高亮、排序、centric、CSV 順序）。
按下去 → 自動把該兩類型的所有 chain 配對算完並聚合。
③ 三種檢視
清單上方切換鈕：
| 鈕 | 內容 |
|---|---|
| Pairs | 所有接觸殘基對，依距離排序：A:LEU101 ↔ B:A47 2.4 Å |
| side1 ▸ | 每個 side1 殘基 → 它接觸到的 side2 殘基們 |
| side2 ▸ | 反過來（每個 side2 殘基 → side1 夥伴） |
每列開頭都帶 chain 字母。點任一列 → zoom 過去，球＋黃色虛線標出接觸，log 印完整資訊。
④ Chain-pair 篩選（同拷貝/跨拷貝）
多 chain 時清單上方出現 chip，如 A↔B 214 D↔E 206 D↔B 2（數字＝接觸數）。
- 點 chip 開關。要乾淨的「同一拷貝」介面 → 關掉接觸數很少的跨拷貝 chip，只留主要那組。
- 清單、summary、上色、CSV 全部同步。
⑤ 視覺化選項
| Cutoff | 距離門檻，預設 4.0 Å。先調再按 Analyze才生效。 |
| Show residue labels | 3D 上標 chain:resnResi |
| Fade non-interface | 淡化整體，讓介面 stick 浮出 |
| Also highlight partner side | 預設只高亮主角；勾了連 partner 也上色 |
| Interface colors | Protein / RNA / DNA 各自色票，可隨時換；同時驅動介面高亮、清單、與「By molecule」整體配色 |
⑥ 匯出
- Export CSV：下載全部接觸對（會反映目前篩選）
- Copy CSV：複製到剪貼簿
file:// 直接開時 Copy 可能被瀏覽器擋，改用 Export 下載即可。⑦ 手動模式
下半部 Manual chain ↔ chain：選 Chain A / B → Show。適合只看特定兩鏈（如同拷貝 A↔B）。
注意：手動模式不過濾水/離子（沿用舊行為）。
⑧ 接觸定義 · 重點
- 接觸＝任一重原子距離 ≤ cutoff（忽略氫）。不是氫鍵/鹽橋分析。
- Type 模式只算 polymer 殘基，自動排除同 chain 底下的水/離子/ligand。
- 多拷貝晶體會含跨拷貝晶體接觸（summary 有 ⚠ 提示）；用 ④ 或 ⑦ 取乾淨介面。
- mmCIF（.cif）會用正確 parser 解析。
⑨ 顯示控制（縮放／隱藏）
- Zoom speed（工具列滑桿）：調整滑鼠滾輪縮放的幅度，覺得「一滾就跳太多」就往左拉。
- 隱藏整條 chain：右側 Structure info → Chains 每條鏈前的勾選框，取消勾選即隱藏（例：4OO8 只留 A,B,C → 取消 D,E,F）。
- 隱藏個別 residue：Chain residues 區選一條鏈 → 列出該鏈所有殘基，逐個勾選框可隱藏；Show all / Hide all 一鍵全開全關；Export CSV 把所有鏈的殘基清單（含 hidden 狀態）匯出。
隱藏只影響顯示，不影響介面計算。
⑩ 既有功能 · 配色
Color scheme 預設 By molecule（Protein/RNA/DNA 各自上色，相鄰的 RNA:DNA 雙股一眼可分），也可切 Spectrum / By chain / element / residue / B-factor。Representation、Filters（hide water/ion/ligand/H）、Spin / Reset / Screenshot、指令列 PyMOL> 全部保留。
🚀 快速上手（4OO8）
- 輸入 4OO8 → Load
- 確認 A,D=Protein、B,E=RNA、C,F=DNA
- Quick interface：Show Protein · contacting RNA → Analyze interface
- 只會高亮蛋白質上被 RNA 接觸的殘基（focus = Protein）
- 關掉
D↔E、D↔Bchip → 只看同拷貝 A↔B - 想改顏色 → 上方 Interface colors 換 Protein 色票；Export CSV 存檔